El proyecto GEF Restauración de Paisajes posee una gobernanza orientada a alcanzar tanto sus objetivos nacionales, regionales y locales. La agencia implementadora es FAO Chile, el organismo ejecutor es el Ministerio del Medio Ambiente, co- ejecutor Conaf. Existe una unidad de gestión del proyecto, encabezada por el coordinador nacional y facilitadores en cada región piloto.
El Proyecto colabora con el Comité Técnico nacional del Plan Nacional de Restauración de Paisajes (PNRP), formado por el Ministerio del Medio Ambiente, CONAF e INFOR en representación del Ministerio de Agricultura, y la colaboración del Fondo Mundial para la Naturaleza (WWF, World Wildlife Fund) y el World Resources Institute (WRI).
Asimismo, el Proyecto GEF Restauración de Paisajes apoya las funciones del Consejo Nacional Asesor del PNRP, conformado el año 2021, el cual es presidido por la Ministra de Medio Ambiente y el Ministro de Agricultura, y que se encuentra conformado por diversos actores provenientes de instituciones públicas (Odepa, INFOR, CONAF, Subsecretaría de Pesca, SENAPRED, Oficina de Cambio Climático-MMA), representante de organizaciones campesinas y pequeñas(os) propietarias(os) (Movimiento Unitario Campesino y Etnias de Chile – Mucech), gremios (Aprobosques, Sociedad Nacional de Agricultura (SNA), Arauco, CORMA, Consejo Minero, CMPC), organizaciones no gubernamentales (WWF Chile, World Resource Institute (WRI), The Nature Conservancy Chile (TNC), WCS-Chile, Red de Restauración Ecológica, FAO y PNUD), y representantes de academia e investigación (Centro de Cambio Global UC, Instituto de Ecología y Biodiversidad (IEB), Universidad de Concepción/IALE, Universidad Austral/Forecos, Centro de Ecología Aplicada (CEA).
En cada región se conformaron Comités Regionales de Restauración de Paisajes, y Comités Locales por paisaje piloto.
